Kantonale Zulassungen von Arzneimitteln bleiben bis Ende 2017 gültig. Aufgrund einer parlamentarischen Initiative hat das Parlament im Juni 2013 die entsprechende Gesetzesänderung verabschiedet. Der Bundesrat hat beschlossen, diese auf den 1. Januar 2014 in Kraft zu setzen.
Bevor das Heilmittelgesetz (HMG) in Kraft trat, war es möglich, für Arzneimittel eine Marktzulassung nach kantonalem Recht zu erhalten, die nur im bewilligenden Kanton gültig war. Mit dem Inkrafttreten des HMG im Jahr 2002 ist die Kompetenz für die Marktzulassung von den Kantonen an den Bund übergegangen. Um bestehende kantonale Arzneimittelzulassungen in nationale Zulassungen des Schweizerischen Heilmittelinstituts Swissmedic zu überführen, wurde eine Übergangsfrist von sieben Jahren eingeräumt und später bis Ende 2013 verlängert.
Mit der ordentlichen Revision des Heilmittelgesetzes (2. Etappe) soll der Marktzugang für die kantonal zugelassenen Arzneimittel definitiv geregelt werden. Das revidierte Gesetz tritt jedoch voraussichtlich erst Anfang 2016 in Kraft. Damit die bisher kantonal zugelassenen Arzneimittel bis dahin legal auf dem Markt verbleiben können, wurde nunmehr eine weitere Verlängerung der Übergangsfrist bis Ende 2017 in Kraft gesetzt.