Ein Beschwerdeführer, der gegen die vorinstanzliche Kostenverlegung vorgegangen war, ist vor dem Bundesgericht erfolgreich (Urteil 6B_127/2011 vom 5. September 2011). Es hebt das angefochtene Urteil im Kosten- und Entschädigungspunkt auf und weist die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurück.
Nach den im BGE 84 I 13 dargelegten Kostengrundsätze kann bei Offizialdelikten der Geschädigte oder Strafkläger nur zur Kostenübernahme verpflichtet werden, wenn er das Verfahren veranlasst oder wesentlich erschwert hat. Die Vorinstanz stimmte diesen Ausführungen im Grundsatz zu, verwies aber darauf, dass der eindeutige Wortlaut des Gesetzes nicht ausser Acht gelassen werden dürfe. Sie entschied, dass der Geschädigte nach Art. 243 Abs. 2 StPO/AR im Falle eines Freispruchs ohne Einschränkungen für die Untersuchungs- und Gerichtskosten hafte, wenn eine Sicherheitsleistung verlangt worden ist. Zudem seien die im konkreten Einzelfall in Frage stehenden Interessen und Umstände zu beachten.
Die Rüge dagegen vorgebrachte Rüge der unzulässigen Praxisänderung bzw. der Verletzung des Vertrauensgrundsatzes hält das Bundesgericht für unbegründet:
2.6 […] Die Staatsanwaltschaft hielt im Anschluss an den Entscheid des Obergerichts […] fest, unter dem Eindruck dieses Urteils sei bei Offizialdelikten hinsichtlich der Möglichkeit der Bevorschussung Zurückhaltung ausgeübt worden. Die Staatsanwaltschaft habe jedoch die Vorschusspflicht nicht grundsätzlich ausgeschlossen, sondern im Einzelfall die in Frage stehenden Interessen abgewogen und sich unter anderem am verletzten Rechtsgut und am Gewicht der privaten Vorteile, welche der Geschädigte mit seiner Beteiligung am Strafverfahren anstrebe, orientiert […]. Nach dem Gesagten ist eine gefestigte Praxis weder ersichtlich noch vom Beschwerdeführer dargetan. Zudem wurde der Beschwerdeführer in der Verfügung der Sicherheitsleistung auf die Konsequenzen des Kostenvorschusses aufmerksam gemacht. Gegen diese Verfügung reichte er keinen Rekurs ein […]. Bei dieser Sachlage konnte er nicht in guten Treuen darauf vertrauen, trotz Leistung des Kostenvorschusses kein Kostenrisiko zu tragen.
Die Rüge, die Kostenauflage und Entschädigungsregelung basiere auf einer offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts und stelle eine willkürliche Rechtsanwendung dar, erweist sich hingegen als begründet:
2.7 […] Die vorinstanzliche Feststellung, wonach es sich im vorliegenden Verfahren um eine vorwiegend zivilrechtlich geprägte Auseinandersetzung handle, ist offensichtlich unhaltbar. […] Die Vorinstanz legt weder dar noch ist ersichtlich, welche finanziellen Interessen der Beschwerdeführer im Strafverfahren verfolgen könnte. Zudem wendet der Beschwerdeführer zu Recht ein, dass der Tatbestand des Betrugs wie die meisten Delikte gegen Allgemeininteressen Vermögensinteressen (mit-)schützt (BGE 133 IV 256 E. 4.3.3 S. 262 mit Hinweis). Unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer das Verfahren nicht durch verwerfliches oder unkorrektes Verhalten veranlasst hat. Es ist nicht nachvollziehbar, inwiefern er das Verfahren ohne Not erschwert haben soll. Er erhob im Jahre 2001 Strafklage, wobei die anschliessende Untersuchung und Beweisführung dem Staat oblag. Somit trifft ihn kein prozessuales Verschulden an der Beweislosigkeit des Betrugs. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass er im Zivilverfahren keine vorsorgliche Beweissicherung beantragte.