Das Bundesgericht hat sich in einem Urteil vom 5. November 2009 (6B_679/2009) mit der Sonderregelung über das Ruhen der Verfolgungsverjährung in 11 Abs. 3 VStrR auseinandergesetzt. Danach ruht die Verjährung bei Vergehen und Übertretungen während der Dauer eines Einsprache‑, Beschwerde- oder gerichtlichen Verfahrens über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht oder über eine andere nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage oder solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst.
Ein Einspracheverfahren über die Leistungspflicht etc. bewirkt allerdings nicht ohne weiteres, sondern nur dann ein Ruhen der Verjährung, so das Bundesgericht, wenn im Einspracheverfahren auch eine Frage zu beurteilen ist, die strafrechtlich relevant und somit im Sinne von Art. 11 Abs. 3 VStrR als Vorfrage anzusehen ist (vgl. auch Urteil 6S.464/2004 vom 9. Mai 2005 E. 4).
3.2 […] Wird gegen die diesbezügliche Verfügung der zuständigen Verwaltungsbehörde ein Rechtsmittel erhoben, so ruht ab diesem Zeitpunkt die Verfolgungsverjährung während des Einspracheverfahrens sowie während eines allenfalls daran anschliessenden Beschwerde- und gerichtlichen Verfahrens bis zur Ausfällung eines rechtskräftigen Entscheids über die Leistungspflicht. Das Ruhen der Verjährung gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR gilt (altrechtlich) nicht nur für die relative, sondern auch für die absolute Verjährungsfrist (BGE 119 IV 330 E. 2c S. 335 mit Hinweisen).
Die Sonderregelung gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR solle verhindern, dass Widerhandlungen verjähren, bevor über die für die strafrechtliche Beurteilung wesentliche Vorfrage der Leistungspflicht im Grundsatz und im Umfang rechtskräftig entschieden worden ist. Die daraus resultierende Verlängerung der Verjährungsfrist, die im konkreten Einzelfall unter Umständen mehrere Jahre betragen kann, sei vom Gesetzgeber gewollt.
3.2 […] Schon vor der Schaffung des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht entschied das Bundesgericht, dass die strafrechtliche Verfolgungsverjährung während eines Beschwerdeverfahrens betreffend die Leistungspflicht vernünftigerweise ruhen muss (BGE 88 IV 87 E. 2 S. 91; siehe ferner BGE 119 IV 330 E. 2d S. 336). Art. 11 Abs. 3 VStrR hat im Übrigen, wie Art. 333 Abs. 6 lit. c StGB ausdrücklich klarstellt, auch nach dem heute geltenden Verjährungsrecht weiterhin Bestand, obschon dieses im Unterschied zum früheren, vorliegend anwendbaren Recht ansonsten die Institute des Ruhens und der Unterbrechung der Verjährung nicht mehr vorsieht. […] In Bezug auf das Ruhen der Verjährung […] ist […] die Regelung in Art. 11 Abs. 3 VStrR abschliessend, da Art. 72 Ziff. 1 aStGB als einzigen Grund für das Ruhen der Verjährung die Verbüssung einer Freiheitsstrafe im Ausland nannte, was Art. 11 Abs. 3 in fine VStrR entspricht.
Partei im betreffenden Verfahren war nicht der Beschwerdegegner, sondern ein Unternehmen, dessen Geschäftsführer er war. Dennoch ruhte die Verjährung, entschied das Bundesgericht, hinsichtlich der dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Straftaten gemäss Art. 11 Abs. 3 VStrR.
3.4 […] Nach der Rechtsprechung ruht die strafrechtliche Verfolgungsverjährung gegenüber allen Beteiligten, auch wenn nur einer von mehreren Beteiligten die Verfügung betreffend die Leistungspflicht anficht (BGE 134 IV 328 E. 3 S. 332). Entsprechendes gilt a fortiori, wenn, wie im vorliegenden Fall, die eingeklagten Widerhandlungen vom Beschuldigten beim Besorgen der Angelegenheiten einer juristischen Person verübt wurden (Art. 6 VStrR), welche die Verfügung betreffend die Leistungspflicht als allein dazu Legitimierte anficht.