Im Entscheid hielt das BGer zunächst fest, dass Gegenstand der Beschwerde wegen Doppelbesteuerung jeder Hoheitsakt sein kann, also auch ein blosser Einschätzungsvorschlag. Wenn das BGer im Entscheid 2P.332/2004 etwas anderes entschieden habe, beruhe das auf einem offensichtlichen Versehen.
Das BGer erinnert daran, dass die neuere Rechtsprechung
in verschiedenen Konstellationen die Kantone mit Liegenschaften verpflichtet, solche Verluste anzurechnen [Zitate]. Diese Rechtsprechung bezieht sich aber nur auf die Besteuerung im interkantonalen Verhältnis. Es kann daraus nicht geschlossen werden, dass die Verlustverrechnung im monistischen System von Bundesrechts wegen auch innerkantonal zugelassen werden muss [Zitate]. Insofern als sich die Beschwerdeführer direkt auf das Gebot der rechtsgleichen Behandlung nach Art. 8 Abs. 1 BV berufen, steht hierfür die Doppelbesteuerungsbeschwerde nicht offen (E. 3.5).
Vorliegend haben die beiden Kantone Aargau und Zürich in ihren Steuerausscheidungen die Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) am Hauptsteuerdomizil im Kanton Zürich quotenmässig im Verhältnis der auf sie entfallenden Reineinkommen verlegt. Ein nicht verrechenbarer Verlust (Ausscheidungsverlust) ergab sich aber daraus, dass der Kanton Zürich in seiner Steuerausscheidung die zürcherischen Liegenschaftsgewinne nicht berücksichtigt hatte und dadurch eine kleinere Quote am Verlust übernahm. Er beruft sich hierfür auf das im Kanton Zürich geltende monistische System der Grundstückgewinnbesteuerung.
(E. 4.2) Trifft in der Steuerausscheidung über Einkommen und Vermögen ein Kanton mit monistischem System auf einen Kanton mit dualistischem System, müssen zum Zweck vergleichbarer Verhältnisse alle Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) in die Steuerausscheidung einbezogen werden. Das gilt auch für die Wertzuwachsgewinne auf den zürcherischen Liegenschaften. Die Kantone sind zwar frei, ob sie Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer oder nach dem monistischen System mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen. Das Steuerharmonisierungsgesetz lässt den Kantonen diesbezüglich die Wahl (Art. 12 Abs. 1 und 4 StHG). Doch darf sich die Wahl des Besteuerungssystems nicht zu Ungunsten der übrigen Kantone und des Steuerpflichtigen, der in mehreren Kantonen steuerpflichtig ist, auswirken [Zitate].
Das BGer hält fest, dass Zürich als monistischer Kanton die Verrechnung von Geschäftsverlusten für die Zwecke der interkantonalen Steuerausscheidung zuzulassen habe, aber bei der Besteuerung innerkantonal nicht zur Verrechnung verpflichtet sei:
(E. 4.3) Das Kantonale Steueramt Zürich hat in seiner interkantonalen Steuerausscheidung die mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfassten Wertzuwachsgewinne nicht berücksichtigt, sondern nur den Erlös aus dem Verkauf der Liegenschaftsbeteiligung im Kanton Aargau. Das führt dazu, dass in der zürcherischen Ausscheidung der Vorjahresverluste quotal nach Massgabe der Liegenschaftserträge auf den Kanton Aargau ein Anteil von 78.01 % (Fr. 3’197’599) entfällt, während der Kanton Zürich einen solchen von nur 18.07 % (Fr. 740’723) zu übernehmen hat. Würde der Kanton Zürich die zürcherischen Liegenschaftsgewinne ebenfalls berücksichtigen, ergäbe sich für diesen Kanton eine erheblich höhere Quote von rund 60 %, wie die aargauische Steuerausscheidung zeigt.
Zwar ist der Kanton Zürich aufgrund seines monistischen Systems nicht verpflichtet, Grundstückgewinne mit Geschäftsverlusten zu verrechnen (vorn E. 3.5 in fine). Für die Zwecke der Steuerausscheidung sind aber dennoch die zürcherischen Grundstückgewinne (Wertzuwachsgewinne) zu berücksichtigen. Ob die dem Kanton Zürich auf diese Weise zugewiesenen Geschäftsverluste (Vorjahresverluste) mit zürcherischen Grundstückgewinnen verrechnet werden können oder ob sie dem Hauptsteuerdomizil definitiv verhaftet bleiben und die zürcherischen Grundstückgewinnsteuerveranlagungen allenfalls in Revision gezogen werden können, ist keine Frage der interkantonalen Steuerausscheidung, sondern des anwendbaren internen (kantonalen) Rechts [Zitate]. Mit der Nichtberücksichtigung des gesamten im Kanton Zürich zur Verfügung stehenden Nettoeinkommens für die Verlustverrechnung im Rahmen der Steuerausscheidung hat der Kanton Zürich daher das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3 BV verletzt.